Um submarino da a Força Marítima de Autodefesa colide com um submarino americano, matando 76 pessoas a bordo, incluindo seu comandante, Shiro Kaieda. Mas a tripulação sobrevive. O acidente é uma fachada para levar a tripulação para o Seabat, submarino construído em segredo pelos governos japonês e americano. Mas Kaieda carrega o Seabat com mísseis nucleares e, repentinamente, se amotina e foge.