A história gira em torno de duas jovens mulheres, aparentemente, têm pouco em comum, e não sabem da existência uma da outra no início. A personagem principal da história é Madlax, uma lendária mercenária e assassina do país fictício Gazth-Sonika que foi devastado por uma guerra civil, ela não conseguia se lembrar de seu passado e de seu verdadeiro nome doze anos antes do início da guerra. A outra personagem principal é Margaret Burton, a única herdeira de uma família rica aristocrática do pacífi...