A série foi baseada no sucesso de 1997 Men In Black e continuou onde o filme parou, mas com algumas pequenas alterações. Alguns episódios foram baseados no enredo do filme, e trouxe de volta personagens como o Bug, e os Arquillians, ainda que estes são retratados como pacífica e benevolente. MIB: A série em si tinha um plano de longa duração onde a Men In Black lutou conta Alpha, um Ex chefe antigo da MIB que já tinha sido amigo do Agente K e mentor. Eventualmente, Alpha virou malvado e ganancio...