Nesta continuação de Batman Ninja, a Família Batman volta ao presente e descobre que o Japão desapareceu, e agora uma ilha gigante chamada "Hinomoto" flutua nos céus de Gotham City. No topo estão os Yakuza, um grupo de indivíduos superpoderosos que reinam sem honra ou humanidade e se parecem estranhamente com a Liga da Justiça. Agora, cabe a Batman e seus aliados salvar Gotham!