No Reino Cogumelo, Mario e Luigi recebem um cartão-postal da Princesa Peach, convidando-os para visitá-la na Terra dos Dinossauros. Os irmãos então embarcam em um avião para ir até lá. Durante o voo, Mario testa o telefone Terebikko que Luigi trouxe para ligar para o espectador. Quando o avião aterrissa na Ilha Yoshi, porém, eles encontram um aeroporto vazio e são repentinamente interrompidos por Bowser, que surge em meio às nuvens tempestuosas. Ele anuncia que capturou a Princesa Peach e desafi...