Num futuro não muito distante, uma subida súbita e inexplicável do nível do mar deixou grande parte da civilização humana debaixo de água. Ikaruga Natsuki, um menino que perdeu a mãe e uma das pernas em um acidente alguns anos antes, retorna desiludido de uma vida dura na cidade grande e encontra sua antiga casa no campo quase que engolida pelo mar. Sem família, tudo o que ele tem em seu nome é o navio e o submarino deixados por sua avó oceanóloga e as dívidas no nome dela. Sua única esperança d...