After Colony 196 - Um ano se passou após a batalha entre a Terra e suas colônias. Heero, Duo, Trowa e Quatre enviam seus Gundams em direção ao sol. Relena Darlian é agora a ministra da Nação Unificada da Terra. Mas como os pilotos de Gundams estão ajustando à paz na Terra, Relena é sequestrada e uma nova ameaca aparece, conduzida por Mariemaia Khushrenada - a filha do recente ditador Treize Khushrenada e herdeira da Fundação Barton. Tornando ainda mais complicado, o piloto do Gundam Nakatu WuFei...