"Unkown" é um inimigo misterioso que apareceu de repente há muito tempo. Como contramedida, a "Agência Evolucionária de Desenvolvimento Ferroviário" (“Evolutionary Railway Development Agency”, ou ERDA) desenvolveu o "Shinkalion", robôs que se transformam em trens-bala, para se preparar para a ameaça. Taisei Ohnari, um estudante do segundo ano do ensino médio, se transfere para a Escola Secundária Shinkai Gakuen em busca de pistas sobre sua irmã mais velha, que desapareceu há dois anos. Só então,...