Há sete anos, um meteorito atingiu o distrito de Shibuya, em Tóquio. Formas de vida alienígenas conhecidas como Worms emergiram do meteorito e se tornaram uma ameaça para a humanidade. Desde então, Souji Tendou vem treinando enquanto aguarda o Kabuto Zecter para que possa assumir o manto de Kamen Rider Kabuto. Fazendo muitos inimigos e encontrando outros Riders com origens misteriosas, Tendou tenta alcançar seu objetivo a qualquer custo: destruir todos os Worms que ameaçam a humanidade.