O mestre de um clã ninja de nome Hayate, realizava em sua escola um treinamento rotineiro com alguns jovens. Tudo parecia normal até então, se não fosse uma invasão. A terra mais uma vez foi invadida, e desta vez por uma organização ninja alienígena chamada Jakanja. Na investida, é enviado um monstro cujo seu primeiro ataque foi contra a escola ninja, onde foram sugados para a dimensão de Jakanja todos os alunos, e até mesmo o templo. Vendo que seu destino era o mesmo, o então sábio mestre Mugen...