Marmalade Boy conta o dia-a-dia de Miki Koishikawa, uma menina muito energética e simpática. A história começa com os pais de Miki anunciando seu divórcio, com um sorriso, e dizendo que pretendem trocar de casais e casar-se novamente com os Matsuura, um casal que conheceram no Havaí. Para completar, os Matsuura possuem um filho da mesma idade de Miki, Yuu, que é muito bonito e popular. E os seis irão morar na mesma casa, para desespero de Miki. Ginta, um amigo de Miki, e antigo amor, sente-se mu...