Quando os malvados Yo-Kai Kin, Gin e Bronzlow fazem o Yo-Kai Watch desaparecer com o tempo para que possam ajudar Dame Dedtime a impedir que humanos e Yo-Kai sejam amigos, Nate Adams encontra ajuda em Yo-Kai Hovernyan, que leva Nate , Sussurro e Jibanyan 60 anos atrás, quando o Relógio Yo-Kai foi inventado pelo avô de Nate, Nathaniel Adams, quando ele era um menino. Juntos, os dois meninos lutam contra Dame Dedtime e seus malvados asseclas Wicked Yo-Kai para salvar o mundo de seus planos maligno...