Um dia, Pikachu e seus amigos estão caminhando quando, de repente, caem por um buraco Diglett e entram no Vale Pokémon, um local secreto que ninguém conhece. Pikachu e seus amigos poderiam usar alguma ajuda para procurar Togepi, que caiu pelo buraco primeiro. O grupo parte e eventualmente encontra Togepi no ninho do Exeggcute, mas um dos Exeggcute está faltando. Isso leva o grupo a outra caçada. É aí que uma tempestade começa a se formar, enchendo o Vale Pokémon com trovões estrondosos e rajadas...