Koukaku no Regios se passa em um mundo fictício e pós-apocalíptico, do qual humanos vivem em Regios - cidades móveis envolvidas por cúpulas gigantes, guiadas por espíritos conscientes - para se protegerem da poluição, e dos monstros surgidos a partir dela. A história foca-se em Layfon Alseif, um rapaz de quinze anos, que, por algum motivo, é exilado de sua cidade natal, Grendan, onde carregava o título de Tenken - dado somente aos doze mais notáveis lutadores - e ajudava a proteger a cidade, der...