A história se concentra principalmente na heroína Rin Tohsaka. Após a morte de seu pai, Rin entra na Guerra do Santo Graal como a única herdeira da prestigiada família Tohsaka, ao lado de seu servo, Archer. No entanto, ela logo descobre que Shirou Emiya, um garoto de sua escola, se envolveu nas batalhas e inesperadamente o salva quando ele é ferido mortalmente. Em pouco tempo, Rin se propõe a acabar com as conspirações que envolvem a Guerra do Santo Graal, juntamente com Shirou e sua serva Saber...