Na nova temporada da FLCL, muitos anos se passaram desde que Naota e Haruhara Haruko compartilharam suas aventuras juntos. Enquanto isso, a guerra entre as duas entidades conhecidas como Medical Mechanica e Fraternity atravessa a galáxia. Hidomi, uma jovem adolescente que acredita que nada de incrível possa acontecer sua vida, até que um dia uma nova professora chamada Haruko chega à escola. Logo, a Medical Mechanica está atacando sua cidade e Hidomi descobre um segredo dentro dela que poderia s...