A história de “Rail Wars!” se passa em um mundo paralelo onde o Japão não privatizou suas ferrovias – algo ocorrido em 1987 após a falência da estatal “Japanese National Railways”. Aqui, Naohito Takayama é um estudante comum que sonha em ter um futuro confortável trabalhando na prestigiada estatal, e ele consegue se tornar estagiário na “Railways Security Force”, seção repleta de funcionários incomuns, se destacando entre eles Sakurai, uma mulher encrenqueira que odeia homens. Uma de suas tarefa...