Após a Terra ser destruída por misteriosas formas de vida alienígenas conhecidas como Gauna, os remanescentes da raça humana escaparam para o espaço na enorme nave geracional Sidonia. Tendo vagado pelo espaço por milênios, a Sidonia se viu novamente sob ataque dos Gauna pela primeira vez em um século. Mais uma vez enfrentando a ameaça de extinção, uma vitória temporária contra os Gauna foi conquistada graças à híbrida humano-Gauna Tsumugi Shiraui e ao piloto de mecha Guardião Nagate Tanikaze. De...