Vários anos após The Fruit of Grisaia... O que antes era a "Academia Mihama", um refúgio para jovens garotas, agora se transformou numa escola de treinamento da OEPD (Organização Especial de Pesquisa e Desenvolvimento), dedicada a formar talentos para a defesa nacional. Rena e Maki são especialistas em armas de fogo, Tohka e Gumi dominam a arte de sniper, Chris cuida de explosivos e processamento de dados, e Murasaki é uma ninja habilidosa em operações de inteligência. Juntas, elas assumem casos...