St. Agatha fica na década de 1950 na pequena cidade da Geórgia. Uma vigarista grávida chamada Agatha está fugindo e procura refúgio em um convento escondido em um ensurdecedor isolamento. O que primeiro começa como o lugar perfeito para ter um filho se transforma em um covil escuro, onde o silêncio é forçado. Segredos medonhos são mascarados, e toda força de vontade que Agatha tem é testada. Ela logo descobre a verdade doentia e distorcida do convento e as pessoas estranhas que se escondem dentr...